非淋茵性尿道炎是指由淋菌以外的其它病原體，主要是沙眼衣原體、尿素分解支原體所引起的尿道炎。沙眼衣原體感染的發(fā)病機制仍不明。衣原體感染的疾病過程和臨床表現(xiàn)，可能就是衣原體復(fù)制的組織損害和衣原體激起的炎癥反應(yīng)以及宿主細胞破壞的壞死物質(zhì)等產(chǎn)生的綜合影響。衣原體感染引起大量免疫反應(yīng)，有證據(jù)表明，衣原體病部分是過敏反應(yīng)所致，或者就是免疫病理性疾病。

大多數(shù)衣原體感染都只是受累部位數(shù)量相對較少的部分細胞受到感染。由于每個包涵體每次都釋出大量活原體，而附近感染的細胞卻相對較少，因此肯定有限制傳染性的控制機制。此機制仍未盡悉，但T細胞功能似甚重要。已發(fā)現(xiàn)淋巴因子對衣原體有抑制作用。沙眼衣原體對α、β、γ干擾素都敏感，γ干擾素似更重要。γ干擾素似能延長發(fā)育周期，使網(wǎng)體存在較長時間。

γ干擾素的明顯作用，可能是對感染的控制而非對新感染的保護。因此可能與感染的清除有關(guān)。中和抗體也有可能起到作用，但中和抗體的作用機制亦待澄清。抗體能中和細胞培養(yǎng)中衣原體傳染性。抗體能抑制衣原體對非專業(yè)吞噬細胞表面的附著，或使之不能抑制吞噬溶酶體融合，或防止原體和網(wǎng)體通過交聯(lián)表面蛋白而發(fā)生的形態(tài)學(xué)轉(zhuǎn)變。