淋病確診時，因為病人有時隱秘病史，或因為失治、誤治，表現不典型，容易被誤診為非淋菌性尿道炎、前列腺炎及泌尿系感染。所以淋病的確診有必要根據病史、臨床表現和實驗室成果進行綜合剖析，穩重作出確診。

首要，病人易把淋病與非淋菌性尿道炎混雜一同，非淋菌性尿道炎常為衣原體、支原體、滴蟲等感染導致，也是性傳播性疾病之一，也有尿頻、尿急、尿痛和尿道口分泌物，表現與淋病很像。它們之間首要的差異在于淋病病人尿道口有黃稠分泌物，而非淋菌性尿道炎病人尿道口僅有清稀分泌物。淋病淋球菌查看為陽性，而非淋菌性尿道炎淋球菌查看為陰性。此外，非淋菌性尿道炎直接涂片在1000倍顯微鏡視野下多形核白細胞數>5個，這一點也有確診含義。

其次，前列腺炎也可呈現尿頻、尿急、尿痛，但無膿尿。男性前列腺炎可分為感染性前列腺炎和非感染性前列腺炎，臨床上最常見的對錯感染性前列腺炎，它是因為前列腺緩慢充血，或一些不適當的影響，導致前列腺炎癥。緩慢前列腺炎于尿終末尿道口有白色滲液，而緩慢淋病在尿初見白色粘液。前列腺炎多有會陰部腫痛不適。進一步查看需作前列腺液的培育來確定。

再者，與泌尿系感染差異開來。泌尿系感染通常為大腸桿菌導致急性泌尿系感染，常見于小孩和婦人，可呈現尿頻、尿急、尿痛，但無膿性分泌物。病人無不潔性交史，作尿常規查看可見紅白血球，淋球菌查看為陰性。而淋病有典型的不潔性交史，除有尿頻、尿急、尿痛等膀胱影響表現外，特別是有尿道口溢膿的表現，膿液黃稠，取膿液作淋球菌培育為陽性。